1.^тоже идея. Удалить блоки из инвентори с указанными ID.
А команда clear chest зачищает сундук.
2. Лучше архитектор с эпиком, чем 100 коблостроителей.
И все же, для чего может понадобиться 50 сундуков коблы/камня/плитки? Можно хотя бы посмотреть, где это находится?
Вручную отрегенить участок?